Zgodnie z art. 51 ustawy o działalności leczniczej (Dz. U. 2023.991 j.t.) Centrum prowadzi gospodarkę finansową w formie samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej.

Wartość majątku Centrum określają dwa fundusze: założycielski i zakładu.  Fundusz założycielski, stanowi wartość wydzielonej Centrum części mienia Skarbu Państwa, natomiast fundusz zakładu określa wartość majątku Centrum po odliczeniu funduszu założycielskiego.

Szczegółowy plan finansowy, w tym plan inwestycyjny Centrum na dany rok przedkładany jest do zaopiniowania przez Radę Społeczną.

Roczne sprawozdanie finansowe Centrum po zaopiniowaniu przez Radę Społeczną zatwierdza Prezes KRUS.