Centrum prowadzi gospodarkę finansową na zasadach określonych w ustawie o rachunkowości z dnia 29 września 1994 roku (Dz.U.2023.120 j.t. ze zm.), ustawie o finansach publicznych z dnia 27 sierpnia 2009 roku (Dz.U.2022.1634 j.t. ze zm.) i ustawie z dnia 15 kwietnia 2011 roku o działalności leczniczej (Dz.U.2023.991 j.t.), w oparciu o plan finansowy ustalany przez Dyrektora. Z posiadanych środków i uzyskanych przychodów ośrodek pokrywa koszty działalności i reguluje zobowiązania. Samodzielnie gospodaruje otrzymanym oraz zakupionym majątkiem. Wartość majątku Centrum określają fundusz założycielski i fundusz zakładu. Centrum decyduje o podziale zysku i we własnym zakresie pokrywa ujemny wynik finansowy.